筛选活动性肺结核的潜在生物标志物的研究
霍慧霞 1，马雅静 2*
1.石河子大学医学院，新疆 石河子，832000；2.石河子大学第一附属医院，新疆 石河子，832008
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摘要：
目的 应用生物信息学技术筛选与活动性肺结核（ATB）有关的基因作为诊断标志物。方法 使用 R 包“GEOquery”从基因表达综合数据库（GEO）下载 GSE19435、GSE83456 训练集和 GSE34608 验证集，筛选 ATB 患者（ATB 组）和健康对照者（HC 组）之间的差异表达基因（DEGs），通过 Cytoscape 软件 MCODE 插件确定 Hub 基因。最后，在验证数据集中对选定的 Hub 基因进行验证。结果 从两个数据集中共选出 2 031 个 DEGs，其中 1 234 个基因上调，797 个基因下调。在 DEGs网络的 9 个模块中，将评分最高的模板所包含的基因作为 Hub 基因，包括 26 个核心蛋白和 149 条边。应用 GSE34608数据集验证，结果提示鸟苷酸结合蛋白 1（GBP1）、鸟苷酸结合蛋白 2（GBP2）、角形四肽重复干扰素诱导蛋白 3（IFIT3）和白细胞介素-15（IL-15）在 ATB 组和 HC 组的表达水平存在差异（P<0.05）。结论 最终筛选出的 GBP1、GBP2、IFIT3 和IL-15 与 ATB 的发生、治疗密切相关，可作为 ATB 的诊断标志物。