生物信息学探究 lncRNA CASC9 在肝细胞癌中的功能及作用机制
陈文琦,严倩,李珊珊,罗敏,景海曼,韩颖,周勇,关新元 *
香港大学深圳医院肿瘤科,广东 深圳,518000
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摘要:
目的 探讨肝细胞癌(HCC)组织中长链非编码 RNA(lncRNA)肿瘤易感性候选基因 9(CASC9)的表达及其与临床预后的关系,并对 CASC9 靶基因进行系统的生物信息学分析。方法 使用生物信息分析方法了解 CASC9 的基本信息与生物学功能;使用 TCGA 数据库数据,比较 HCC 组织和癌旁正常组织中 CASC9 表达量,并分析其与 HCC 预后的相关性;使用 lnCAR 数据库和 Metascape 工具对 CASC9 的靶基因进行预测及功能富集分析,并筛选出 CASC9 相互作用的 miRNA 和关键靶基因。结果 与癌旁正常组织相比,CASC9 在 HCC 组织中呈高表达(P<0.05)。生存分析显示,HCC组织中 CASC9 高表达与 HCC 患者的不良预后显著相关(P<0.05)。KEGG 分析显示,CASC9 与脂肪酸代谢、嘌呤代谢、MAPK 信号通路、Jak-STAT 信号通路、细胞周期等信号通路相关。GO 富集分析结果显示,CASC9 与细胞核分裂、细胞周期调控、细胞周期检查点等多种途经相关。结论 CASC9 可作为一种原癌基因参与 HCC 的发生、发展,并具有成为HCC 诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在价值。