转录组测序筛选肝癌细胞中 CUG2 的作用靶点
陈文琦，严倩，李珊珊，罗敏，景海曼，韩颖，周勇，关新元 *
香港大学深圳医院肿瘤科，广东 深圳，518000
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摘要：
目的 通过转录组测序以及生物信息学分析对 CUG2 的下游差异性表达基因进行功能分析，探讨 CUG2 在肝癌发生、发展过程中的分子机制及作用。方法 将 CUG2 siRNA 转染入肝癌细胞 HepG2 与 Huh7，采用 RNA-Seq 技术筛选CUG2 的下游差异表达基因；利用 DAVID 和 STRING 数据库分析差异性表达基因功能、信号通路和蛋白相互作用，确定 CUG2 下游靶基因。采用 Kaplan-Meier 曲线和 Cox 回归分析靶点蛋白在生存预后分析中的价值。结果 HepG2 细胞敲降 CUG2 后有 420 个基因上调，367 个基因下调；Huh7 细胞敲降 CUG2 后有 2 376 个基因上调，1 799 个基因下调。FGB、GC、CENPF、CENPP、TOP2A、PGK1、EPO、CXCL1、CXCL8 和 KLF2 均为 CUG2 的下游靶基因，生物信息学分析发现这些靶点蛋白与肝癌患者生存预后相关。结论 肝癌发生、发展过程涉及多个与癌症相关的生物学过程和信号通路的改变，CUG2 的下游作用靶点与肝癌患者的生存预后相关。